Już na pierszym swym posiedzeniu powołany w 23 września 1857 r. Wydział Nauk Historycznych i Moralnych PTPN uchwalił założenie Muzeum Starożytności Polskich i Słowiańskich w Wielkim Księstwie Poznańskim, które miało za zadanie gromadzić wszelkie pamiątki narodowe, w tym również zabytki archeologiczne.
W tym samym roku, wśród kilku powołanych przez Wydział Nauk Historycznych i Moralnych komisji, znalazła się także Komisja Archeologiczna. W jej skład wchodzili m.in. Kazimierz Szulc, Leon Hipolit Chlebowski i Antoni Białecki. Komisja działała zaledwie kilka lat, ale w okresie późniejszym kilkakrotnie ją reaktywowano.
W pierwszym sprawozdaniu z działalności Wydziału Nauk Historycznych i Moralnych wśród jego prac i zajęć naukowych wymienione zostały "sprawozdania z wycieczek archeologicznych", a pomiędzy 35 odczytami naukowymi wygłoszonymi w pierwszych trzech latach jego istnienia 5 dotyczyło wykopalisk pradziejowych.
Prowadzono także własne poszukiwania wykopaliskowe w należących do Kazimierza Niegolewskiego Włościejewkach i we Chwałkowie, w dobrach Chodackiego. Najważniejszym stanowiskiem archeologicznym badanym z ramienia PTPN przez Hieronima Feldmanowskiego był gród i osada przygrodowa w Pawłowicach pod Poznaniem.
W latach 1879-1883 do ponownie ustanowionej Komisji Archeologicznej należeli Władysław Jażdżewski, Hieronim Feldmanowski, J. Szafarkiewicz, Kazimierz Szulc, a prawdopodobnie również Klemens Koehler i Adolf Moszczyński. W latach 1885-1896 w miejsce Komisji Archeologicznej funkcjonowała Sekcja Archeologiczna, a następnie Wydział Archeologiczny, w których niezwykle aktywnie działali: Władysław Jażdżewski, Klemens Koehler, Kazimierz Szulc, Romuald Erzepki, Bolesław Erzepki, Władysław Łebiński, Wincenty Zenkteller, Augustyn Kalk, Ignacy Zakrzewski, Albin Węsierski.
Niezależnie od działalności Komisji Archeologicznej PTPN inspirowało prowadzenie nie tylko badań naukowych i prac wykopaliskowych, ale i licznych dyskusji nad najdawniejszymi dziejami Wielkopolski. Dla publikacji ich wyników Towarzystwo udostępniało chętnie łamy wydawanych przez siebie roczników i "Zapisków Archeologicznych Poznańskich". Członkowie PTPN publikowali swoje prace również w czasopismach polskich ukazujących się w innych zaborach oraz w niektórych periodykach niemieckich.
Najważniejszą przygotowaną i wydaną staraniem Towarzystwa pracą poświęconą archeologii był w tym okresie "Album Zabytków Przedhistorycznych Wielkiego Księstwa Poznańskiego" publikowany w latach 1893-1915.
