Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r., Poznańskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk podjęło nowe wyzwania, rozwijając działalność naukową i wydawniczą, a także angażując swe siły w utworzenie i organizację Uniwersytetu Poznańskiego.

Wobec przejścia pod polską administrację znajdującego się w Poznaniu Kaiser Friedrich Museum (Muzeum Cesarza Fryderyka), Józef Kostrzewski rozpoczął zabiegi mające na celu scalenie znajdujących się w nim zbiorów archeologicznych z kolekcją zgromadzoną przez PTPN w Muzeum im. Mielżyńskich. W 1919 r. Kaiser Friedrich Museum zostało przemianowanie na Muzeum Wielkopolskie, a w latach 1923-1924 PTPN przekazało zbiory archeologiczne z Działu Prehistorycznego Muzeum im. Mielżyńskich do Działu Prehistorycznego Muzeum Wielkopolskiego.

Zgodnie z umową zawartą pomiędzy PTPN a samorządem województwa, Muzeum im. Mielżyńskich udostępniło swoje pomieszczenia na siedzibę autonomicznego Działu Prehistorycznego Muzeum Wielkopolskiego, który miał zapewnić przekazanym zabytkom należytą opiekę i przeprowadzić ich konserwację. Kierownictwo działu powierzono Józefowi Kostrzewskiemu.

Ofiarodawcy sami mieli deklarować, do którego z dwóch inwentarzy Działu Prehistorycznego chcą wpisać przekazywane zabytki – do inwentarza Muzeum Wielkopolskiego, czy Muzeum im. Mielżyńskich. Do drugiego z wymienionych inwentarzy wpisywano z biegiem czasu coraz mniej zabytków, choć do zbiorów PTPN pozyskano jeszcze kilka większych kolekcji. Znalazły się wśród nich: zbiory byłego muzeum w Inowrocławiu, zabytki przekazane przez magistrat Szamocina, depozyty Instytutu Prehistorycznego Uniwersytetu Poznańskiego i Państwowego Urzędu Konserwatorskiego, kolekcja po Wiktorze Czarneckim z Gogolewa, Maxie Zindlerze, księdzu Łowińskim, Marii Czekańskiej, zbiory wymienione z Morawskim Muzeum w Brnie i z prof. van Grüffen z Groningen oraz materiały z badań własnych Józefa Kostrzewskiego, Zygmunta Zakrzewskiego i Zdzisława Rajewskiego. Ostatnie wpisy do inwentarza Muzeum im. Mielżyńskich pochodzą z 1935 r.