Pieczę nad gromadzonymi zbiorami Poznańskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk powierzyło konserwatorowi, do obowiązków którego należało: czuwanie nad bezpieczeństwem zbiorów, utrzymanie porządku, prowadzenie korespondencji z instytucjami i osobami zainteresowanymi zbiorami Towarzystwa, przyjmowanie darów, katalogowanie zbiorów i zdawanie pisemnej relacji z ich stanu.
Pierwszym konserwatorem został profesor gimnazjalny, geograf i historyk Maksymilian Studniarski. Pełnił on obowiązki zaledwie kilka miesięcy; po nim stanowisko to piastowali Albin Gorecki (1860-1866), Władysław Wierzbiński (1866-1869) oraz Hieronim Feldmanowski (1869-1885).
Hieronim Feldmanowski zainicjował akcję katalogowania zabytków. Z ramienia Towarzystwa zapoczątkował również badania wykopaliskowe wczesnośredniowiecznego grodu i osady przygrodowej w Pawłowicach pod Poznaniem.
Nowy etap w dziejach Muzeum nastąpił w 1885 r., z chwilą powołania na stanowisko konserwatora Bolesława Erzepkiego, który od 2 lat działał już w Komisji Archeologicznej. Dzięki jego staraniom do Muzeum trafiły zbiory zabytków po Władysławie Jażdżewskim, Teofilu Trąmpczyńskim, Hipolicie i Stanisławie Turno z Objezierza oraz Zbigniewie Węsierskim-Kwileckim z Wróblewa.
Bolesław Erzepki rozpoczął prace nad założeniem inwentarza miejscowości, z których pochodziły zabytki. Wśród zabytków wydzielił skarby i znaleziska grobowe, porozdzielał przedmioty późnośredniowieczne i młodsze od pozostałych zabytków archeologicznych, ułożył zabytki w porządku chronologicznym. Po przeprowadzce zbiorów w 1909 r. porządek ten utrzymano, wydzielając jedynie depozyty ze zbiorów Władysława Jażdżewskiego i Zbigniewa Węsierskiego-Kwileckiego.
Duże zmiany w działalności Muzeum nastąpiły na początku XX wieku, zwłaszcza gdy w 1914 r. nowym konserwatorem zbiorów został Józef Kostrzewski. Przekazywał on do Działu Archeologicznego materiały pozyskiwane w trakcie prowadzonych przez siebie badań wykopaliskowych i powierzchniowych. Poza tym, tak jak to było do tej pory przyjmował dary i depozyty, a część zabytków nabył drogą kupna. Od 1915 r. rozpoczął gruntowną reorganizację zbiorów, porządkując je chronologicznie, z uwzględnieniem podziału na grupy kulturowe i lokalizację geograficzną zabytków.
