Początki Muzeum sięgają dnia 23 września 1857 r., kiedy to Wydział Nauk Historycznych i Moralnych Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk podjął uchwałę o utworzeniu Muzeum Starożytności Polskich i Słowiańskich. W 1923 r. zbiory archeologiczne tego muzeum połączono z podobnymi zbiorami b. Muzeum Prowincjonalnego w Poznaniu (Kaiser-Friedrich Museum), założonego przez Niemców w 1894 r. Powstał wówczas odrębny Dział Przedhistoryczny Muzeum Wielkopolskiego z własną siedzibą. W roku 1945 założono samodzielne Muzeum Prehistoryczne, przemianowane w 1950 r. na Muzeum Archeologiczne. W 1967 roku Muzeum uzyskało nową siedzibę w Pałacu Górków, zrekonstruowanym po zniszczeniach wojennych.

Sprawozdania z działalności Muzeum oraz jego oddziałów w latach 1950-1995 (opublikowane w "Fontes Archaeologici Posnanienses")