W 2012 roku Muzeum otrzymało I nagrodę w konkursie IZABELLA 2011
na najlepsze wydarzenie muzealne w Wielkopolsce w kategorii Wydawnictw za Międzynarodowe Sympozjum "Origin and Early Development of Food Producing Cultures in Northeastern Africa - 30 years later".
Organizatorami tegorocznej edycji konkursu Izabella byli: Oddział Wielkopolski Stowarzyszenia "Związek Muzeów Polskich" i Urząd Marszałkowski Województwa Wielkopolskiego.
W roku 2010 Muzeum Archeologiczne w Poznaniu zostało uhonorowane dwiema
prestiżowymi nagrodami:
W organizowanym pod patronatem Marszałka Województwa Wielkopolskiego konkursie
na "Najciekawsze Wydarzenie Muzealne Roku - IZABELLA 2009" uzyskaliśmy dwie
nagrody:
I nagrodę w kategorii:
Wydawnictwa za katalog wystawy stałej
"Tu powstała Polska", oraz
II nagrodę w kategorii:
Działalność
wystawiennicza za wystawę "Dusze maluczkie - dzieci i dzieciństwo poprzez wieki".